自動化系承擔(dān)著西南大學(xué)自動化專業(yè)的教學(xué)與科研工作，擁有一只結(jié)構(gòu)合理的專任教師隊伍，其中教授2人，副教授12人，講師7人。研究方向為計算機(jī)控制系統(tǒng)與體系結(jié)構(gòu)、智能傳動、無線通信、儀器儀表與系統(tǒng)集成等。

本系設(shè)有“重慶市智能儀表及控制裝備工程技術(shù)研究中心”，“重慶市工業(yè)控制系統(tǒng)信息安全支撐中心”和“自動化研究所”，與奧地利貝加萊集團(tuán)共建西南大學(xué)—貝加萊聯(lián)合實驗室、與西門子集團(tuán)共建西南大學(xué)西門子先進(jìn)技術(shù)研究室， 與三菱公司共建西南大學(xué)三菱節(jié)能中心，與羅克韋爾共建自動化PLC實驗室。同時還擁有控制系統(tǒng)實驗室，檢測技術(shù)及儀表實驗室，電機(jī)拖動實驗室，嵌入式系統(tǒng)實驗室等，總面積達(dá)到720余平方米。

近年來，主持了“農(nóng)村物聯(lián)網(wǎng)綜合信息服務(wù)關(guān)鍵技術(shù)集成與示范”為代表的國家科技支撐計劃及其他國家級項目20余項，主持重慶市科委攻關(guān)、技術(shù)創(chuàng)新項目等53項，并與相關(guān)企業(yè)合作，承擔(dān)了汽車CAN總線研究、連鑄機(jī)三電一體控制系統(tǒng)等橫向項目50余項，項目總經(jīng)費近億元。圍繞智能傳動、無線網(wǎng)絡(luò)和機(jī)器人等實用技術(shù)，申報國家專利200余項，其中發(fā)明專利100余項。發(fā)表SCI檢索的高水平論文百余篇。

本系設(shè)有“全國工業(yè)過程控制與測量標(biāo)準(zhǔn)化分委員會（SC2）”，近10年來共組織制定國家標(biāo)準(zhǔn)200余項，規(guī)范和指導(dǎo)了相關(guān)行業(yè)的工業(yè)生產(chǎn)，獲得“中國標(biāo)準(zhǔn)創(chuàng)新貢獻(xiàn)獎”三等獎。自主研發(fā)的EDD-DTM的轉(zhuǎn)換技術(shù)規(guī)范，經(jīng)國際電工委員會投票表決，成為國際標(biāo)準(zhǔn)。

在對外交流與合作上，自動化系與奧地利維也納技術(shù)大學(xué)、德國Esslingen應(yīng)用科學(xué)大學(xué)、德國馬格德堡大學(xué)、香港理工大學(xué)、德國西門子公司、美國羅克韋爾自動化公司、法國施耐德電氣公司、中國四聯(lián)儀器儀表集團(tuán)（實習(xí)基地）、上海自動化儀表股份有限公司等國內(nèi)外高校和企業(yè)建立了良好的合作關(guān)系。

2014年，教育部批準(zhǔn)西南大學(xué)自動化專業(yè)與澳大利亞西澳大學(xué)開展合作辦學(xué)（教育部批準(zhǔn)編號：MOE50AU2A20131580N），每年招收合作辦學(xué)項目學(xué)生100名，該合作辦學(xué)項目為雙方搭建了一個相互交流的國際化平臺，使得雙方可以相互吸收和借鑒對方的先進(jìn)理念和管理方式，培養(yǎng)具有國際意識和國際競爭力的高素質(zhì)人才。